まず表題の「本人認証サービス」ですが，説明が面倒なので，詳細はリンク先を見てください。これはJCBのものですが，VISAにも同じシステムがあるはずです。
本人認証サービスJ/Secure
で，リンク先にもスクリーンショットがあるように「お支払金額」が表示されることになってるのですが，とある通販サイトでJCBカードを利用すると，購入金額に関わらず，それが必ず「0円」と表示されます。認証と言いながら，支払い額が一致しないのは明らかに変です。
ということで，まずその通販サイトに
「お支払金額0円はおかしいやろ？」
と問い合わせると，
「そのような表示が出てることは認識してるが，このシステムはカード会社のものなので，当方では詳細を把握していない。疑問点はカード会社に照会してもらえないか？」
という回答が。知らないで使ってて大丈夫なのか？と思いつつ，JCBに電話して同じ質問を投げると，どうもJCBではこの事象をよく把握していなかったようで，
「カードが有効かどうかを確認するために0円の請求を上げる，ということはあるが，実際に請求金額が発生していて0円というのは考えづらい」
ということで，調査するので1日待って欲しい，という大げさな話に進展してしまいました。
で，翌日にその調査結果が。
JCBの話に拠れば，請求額を表示するしないは店舗側が決めているので，「表示しない」を選んだ店は0円や1円の「お支払金額」が表示される，とのこと。
「店先でカード払いをするときは請求額を確認してからサインするのに，ネット通販では請求額を確認せずにパスワードを入れろ，というのは解せないし，それを認めるのはおかしい」と文句を言うと，
「おっしゃる通りなんですが，現在はそういう運用になってるので，もし請求額に不審な点があればすぐに連絡をして下さい」とかわされました。
しかし，請求金額を確認させないのであれば，利用者保護と言いながら，結局は保護になっておらず，外部に対して「セキュリティは万全」というイメージを与えるために，利用者に余分なパスワードを入力させる行為を強いている・・というのは言い過ぎでしょうか。カード会社もあまりそのことを深く考えていないような印象です。
以上はJCBの話で，他社がどうなってるのかは知りませんが，とりあえず困ったものです。